História Mlyna Perner siaha až do 15. storočia. Pôvodný mlyn bol založený v roku 1420 a medzi jeho neskorších majiteľov patrili okrem mlynárskych rodín aj slávne šľachtické rody Valdštejnov, Šlikov alebo Vartenbergov.
V 19. storočí vlastnil mlyn Michal Mácha, brat českého básnika Karla Hynka Máchu.
V roku 1933 kúpil mlyn Bohumil Perner, syn mlynára z mlyna Májov pri Chrudime. S manželkou počas 30. rokov mlyn rozšírili a zmodernizovali. Bohumilov strýko Ján Perner (1815–1845) bol vlastenec a budovateľ železnice.
V roku 1992 získali mlyn v značne opotrebenom stave späť v reštitúcii synovia Bohumila Pernera Bohumil a Ján. V tejto dobe mal mlyn výrobnú kapacitu 80 ton/24 h. Bratia pochopili, že je potrebné mlyn modernizovať, zakúpiť nové dopravné prostriedky a vybaviť laboratórium. Bohumil sa staral o obchod a kvalitu múky, Ján o strojársku technológiu. Veľkou pomocou boli bratom v tom čase partnerské mlyny v Nemecku.
V roku 1995 dodala firma Prokop Pardubice novú mleciu technológiu s kapacitou 120 ton/24 h.
V roku 2007 sa stal väčšinovým vlastníkom Daniel Perner, ktorý začal vedenie spoločnosti preberať po svojom otcovi už ku koncu deväťdesiatych rokov. Dnes tak úspešne pokračuje v rodinnej tradícii a úročí svoje skúsenosti získané v mlynoch vo Švajčiarsku, Luxembursku a Nemecku. Daniel Perner absolvoval Strednú školu potravinárskej technológie v Pardubiciach a úplne prepadol láske k poctivému mlynárskemu remeslu.
V rokoch 2009–2012 prešiel mlyn rozsiahlou modernizáciou, vďaka ktorej sa stal najmodernejším českým mlynom s produkciou viac ako 150 000 ton múky za rok, čo zodpovedá zhruba 14 % priemyselnej výroby pšeničnej múky v ČR. Novú špičkovú technológiu dodala firma Bühler zo Švajčiarska.
V roku 2018 bola spustená úplne nová mlecia linka pre veľmi jemné mletie celozrnných múk od firmy Bühler, čo prinieslo ďalší zásadný náskok na trhu, pretože jemnosť namletia celozrnných múk a kapacita výroby nemá v ČR konkurenciu. Prvýkrát vo svojej histórii začína Mlyn Perner dodávať na trh vlastnú prémiovú múku značky Pernerka.
Mlyn Perner investuje do nákupu nového areálu blízko severočeskej obce Svijany, ktorý umožní jeho ďalší rozvoj. Na trh je uvedený nový druh múky Pernerka: pšeničná múka hladká extra silná s vysokým obsahom lepkových bielkovín, ktorá je vhodná pre výrobky s dlhším kysnutím cesta, ktorému zaisťuje pevnosť a pružnosť.
